1. Уничтожение источников первичной инфекции. Осенью должна быть проведена глубокая зяблевая вспашка, которая способствует быстрому разложению пораженных растительных остатков и предотвращает накопление патогена в почве.
2. В связи с тем, что альтернариоз поражает томаты, не следует размещать посадки картофеля по соседству с ними.
3. Правильное минеральное питание растений уменьшает пораженность. Минимальное поражение наблюдается при соотношении N:P:K=1:1,5:1,5. Альтернариоз чаще наблюдается на ослабленных растениях.
4. Химические обработки - наиболее действенный метод борьбы с альтернариозом. Первое опрыскивание против альтернариоза следует проводить после обнаружения первых симптомов заболевания. Обычно это совпадает с фазой смыкания ботвы в рядках. В дальнейшем обработки необходимо повторять в зависимости от срока действия применяемого фунгицида и степени благоприятности погоды (наиболее благоприятна температура выше 18оС, влажность выше 80%, и дожди). В годы депрессивного развития альтернариоза бывает достаточно 1-2 обработок фунгицидами, в годы умеренного проявления болезни - 2-3 обработки, в эпифитотийные - 3-4.
5. Выращивание сортов картофеля с повышенным уровнем устойчивости к альтернариозу (Бронницкий, Брянский деликатес, Волжанин, Голубизна, Лина, Любава, Мастер, Невский, Никулинский, Победа, Резерв, Ресурс, Сказка, Скороплодный, подробнее - смотри каталог сортов). К сожалению, к настоящему моменту не существует сортов картофеля полностью устойчивых к альтернариозу.
6. Чтобы минимизировать потери урожая клубней, рекомендуется убирать их полностью созревшими, избегать их повреждений при уборке, после уборки выдержать три недели в теплых условиях при влажности >90% и отбраковать пораженные.